Comme dans tout hôpital, la biosécurité revêt énormément d'importance en clinique équine, de par le risque d’accueil d’animaux potentiellement contagieux.
Des règles strictes doivent être appliquées pour éviter qu'un animal malade ne contamine les autres patients.
Quatre classes de risque ont été définies pour les animaux, principalement en fonction du niveau de risque de contagiosité.
De plus, les poulains hospitalisés feront l’objet de précautions particulières, le but dans ce cas étant de renforcer la protection de ces patients plus susceptibles de contracter des infections nosocomiales.
Par ailleurs, des mesures spécifiques seront appliquées dans le bloc chirurgical.